류 국장은 “이 방송에서는 일본에서 통일교가 집단생활을 통해 가정과 유리시킴으로써 불화를 조장하는 것에 대해서는 언급이 없었고, 영감상법(인감 등에 의미를 부여해 고액으로 판매하는 것) 등 탈법적인 행태를 보이는 것에 대해서도 짧게만 언급했다”며 “일본 내에서 통일교가 지탄을 받는 본질적인 이유에 대해서는 자세한 조명을 하지 않은 것”이라고 밝혔다.

그는 또 “방송 도중에는 본 주제와는 큰 관련 없는 통일교의 집회, 합동결혼식 등을 비롯해 문선명 교주의 아들인 현 통일교 세계회장인 문형진씨와 홍보실장의 인터뷰가 긴 시간에 걸쳐 상세히 나오는 등 통일교 홍보 방송을 방불케 하기도 했다”고 밝혔다.

<뉴스추적>은 실제 지난 4일 언론에 배포한 ‘방송 예고’에서 “특히 통일교의 교주인 문선명 총재에 이어 32살의 젊은 7남 문형진 세계회장의 통일교 2기 체제에서의 변화하는 교회 모습 등이 처음으로 지상파 방송을 통해 공개된다”며 밝히기도 했었다.

오창익 인권실천시민연대 사무국장도 “균형감각을 상실했다”고 지적했다. 오창익 사무국장은 “인권 차원에서 당연히 다룰 수 있는 사안이기는 하지만, 자식을 지켜야겠다는 가족들의 입장이나 이런 문제가 발생한 원인에 대한 조명이나 분석은 생략한 채 그 결과로서의 양태만 다뤘기 때문”이라고 말했다.

또 <뉴스추적>이 헷갈리는 방송 예고로 시청자를 기만했다는 지적도 나오고 있다. <뉴스추적>은 지난 4일 언론에 ‘통일교 납치 감금 사건’이라는 제목으로 “한국에서 태동한 신흥종교인 통일교 내부에 강압적인 납치 감금사건이 지속적이고 조직적으로 이루어지고 있어 충격을 주고 있다”고 홍보해 마치 통일교 내부의 납치․감금 사건을 다루는 것처럼 예고했다.

이와 관련 SBS 내부에서도 ‘의아하다’는 반응이 나오고 있다. 이름을 밝히지 말아줄 것을 요청한 SBS의한 기자는 “예고 등을 보고 당연히 통일교 내부의 납치 사건 등을 다루는 줄 알았는데 방송을 보니 영 딴판이었다”고 말했다. 그는  “당초 기획이 확 바뀐 게 아닌가 싶을 정도”라며 통일교 등 외부의 입김이 영향을 미친 것 아닌가 하는 의구심을 드러내기도 했다.

<뉴스추적> 제작진은 이같은 논란에 대해 “종교 문제보다는 인권 측면에 초점을 맞춘 것”이라고 밝혔다. 이번 사건을 보도한 김희남 기자는 “소수 종교, 반쪽짜리 한국인이라고 해서 애써 외면할 것인가 하는 의문을 갖고 이번 사안을 마이너리티(소수자) 인권 문제로 접근했다”고 밝혔다.

그는 “올해 초 한 VJ가 고토 토오루씨(통일교 다닌다는 이유로 12년 5개월간 일본에서 납치 감금)의 사진을 보여줬지만, 종교적 논란을 고민해 처음에는 킬했다”며 “7월 중순께 여러 아이템을 찾다가 VJ가 보여준 사진을 팀원들에게 보여줬고 팀원들 상당수가 호응을 보였고, 한국에 있는 일본인들 부인 얘기가 있어 보도하게 됐다”고 밝혔다. 가족들의 입장이나 통일교 문제점 등이 간과됐다는 지적에 대해서는 “구성 논리가 산만해지기 때문에, (통일교로 인해) 일본 가족들이 받은 상처는 충분히 반영이 안 됐다”고 말했다.

<뉴스추적> 예고 내용이 시청자들을 기만한 것 아니냐는 지적과 관련해서는 “(홍보안은) 사람을 끄는 포인트가 있어야 하는데, 홍보 문안은 말 그대로 홍보로 봐줘야 할 것”이라고 말했다.

포탈에서의 시청자 반응도 비판적인 지적이 적지 않다. 다음 아이디 ‘푸들’은 “어째 통일교를 동정해야 한다는 여론몰이 느낌이 드네”라고 지적했고, ‘피안’은 “그 자식은 신앙의 자유를 외치면서 이미 백색인간이 되어 살아가지만 부모의 슬픔과 고통은 그 딸들보다 몇 백배 더 할 것 아닌가?”라는 글을 올렸다. 그러나 “민주국가에서는 있을 수 없는 일”, “일본은 종교의 자유도 없다는 말인가? 충격적”(포청천) 같은 반응도 있었다.