현재 포털과 관련해 논란이 되고 있는 부분은 △미디어 기능 △프라이버시 이슈 △표현의 자유 △저작권 침해 △불공정거래 등 다섯 가지이다. 학계에서는 공정거래법, 정보화촉진기본법, 전자서명법, 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률, 정보통신기반보호법, 전자거래기본법, 저작권법, 통신비밀보호법, 인터넷주소자원에 관한 법률 등 기존 법제가 미비해 새로운 통합법제가 필요하다는 의견과 기존 법률 개정만으로도 가능하다는 의견이 팽팽하다.

공통적으로 지적하는 것은 정부여당이 새로 제시하는 정책 역시 서로 충돌하는 등 여러 문제가 있다는 점이다. 사업자가 개인정보 수집을 최소화하면서도 제한적 본인 확인제나 수사기관 협조를 위해 다양한 개인정보를 수집·확보해야 하는 모순과, 편집권 남용 제한을 요구받으면서 기사 삭제권을 부여받는 모순 등이 그것이다. 인터넷정보보호종합대책에서 포털에 과도한 판단권한을 부여하고 있는 점도 문제로 지적되며, 김경한 법무부 장관의 ‘사이버 모욕죄’ 신설 검토 역시 실익도 없이 누리꾼 겁주려는 것 아니냐는 비판을 받고 있다.

특히 기존 법률로도 해결 가능한 문제들을 새로운 입법과 정책을 통해 대처하려는 것은 촛불집회 정국 이후 정부차원에서 진행되는 인터넷 통제 시도 아니냐는 지적도 있다. 이명박 대통령은 지난 6월 “신뢰 없는 인터넷은 약이 아닌 독”이라고 발언한 데 이어 지난 11일 국회 개원 연설에서도 “부정확한 정보를 확산시켜 사회불안을 부추기는 ‘정보전염병’(infodemics)도 경계해야 할 대상”이라고 밝힌 바 있다. 현재 포털에 일고 있는 다섯 가지 이슈에 대해 정동훈 광운대 교수는 “이용자와 시민단체, 기업이 투명·공정·타당한 규제시스템을 만들고, 정부는 강력한 법·규제 범위를 최소화하면서 자율규제를 어떻게 하면 효율화시킬 수 있을지 보완 역할을 하는 것이 최선”이라고 밝혔다.

이런 가운데 포털사들은 미디어 기능과 관련해 한 발 물러서는 모습을 보이고 있다. NHN이 지난 1일 뉴스 편집권 포기 의사를 밝히면서 ‘오픈 캐스트’라는 새로운 서비스 전략을 밝힌 데 이어, 다음도 28일 초기화면 뉴스박스의 링크 형식 선택을 개별 언론사 쪽에 넘기고 뉴스박스 편집 데이터를 1일 단위로 공개해 모든 이용자들이 다음의 뉴스편집 내용을 알 수 있도록 하겠다고 밝혔다.