2020년 TV조선 재승인 심사 당시 점수 조작 정황이 있다는 TV조선‧조선일보 보도에 방송통신위원회가 이를 부인하는 공식 입장을 냈다. 그러자 이번 사안의 당사자라 할 수 있는 조선일보는 사설까지 내며 검찰 수사를 촉구했다. 조선일보 출신 현직 방통위 상임위원은 방통위의 입장 발표가 부적절하다는 입장에 이름을 올렸다.  

TV조선과 조선일보는 지난 7일과 8일 “감사원이 2020년 4월 TV조선 재승인 심사 시 일부 심사위원이 ‘방송의 공적책임‧공정성’ 항목 점수를 조작한 정황이 있다고 판단하고 이는 범죄 개연성이 있다는 취지의 감사결과를 검찰에 전달한 것으로 알려졌다”고 보도했다.

이에 대해 방통위는 8일 보도 설명자료를 내고 “2020년 3월 당시 방통위는 엄격하고 공정한 종편 재승인 심사를 위해 분야별 외부전문가로 심사위원회를 구성‧운영했으며, 심사위원들은 외부간섭 없이 독립적으로 심사‧평가하고 방통위는 심사위원들의 점수평가에 대해 관여하지 않았다. 이에 대해 감사원에 충실히 설명했다”고 밝혔다.

다음날인 9일, 조선일보는 사설에서 “감사원은 ‘TV조선의 평가 점수가 전체적으로 높게 나왔다’고 해서 채점 때 공정성 점수를 낮춰 수정했다는 심사위원 일부의 진술도 확보한 것으로 전해졌다”며 “사실이라면 방송의 중립성을 지켜줘야 할 방통위가 거꾸로 인‧허가권을 이용해 정권 마음에 들지 않는 방송을 공격한 것”이라고 주장했다. 

그러면서 “그동안 문재인 정부가 방송 장악을 위해 했던 일을 떠올려보면 실제 그런 일이 벌어졌을 것이란 의심이 든다”고 주장한 뒤 “검찰은 점수 조작이 있었는지, 누가 어떤 식으로 관여했는지, 방통위 공무원 개입은 없었는지 낱낱이 밝혀야 한다”고 요구했다.

방통위 내에선 방통위 공식 입장에 대한 ‘반발’도 나왔다. 안형환 방통위 부위원장과 김효재 상임위원은 8일 입장문을 내고 “방통위 입장 발표에 동의하지 않는다”고 밝혔다. 안형환 부위원장은 국민의힘 전신인 미래통합당 추천, 김효재 위원은 국민의힘 추천 인사다. 안 부위원장은 KBS 기자 출신으로 한나라당 국회의원을 지냈으며, 김 위원은 조선일보 기자 출신으로 한나라당 국회의원과 MB정부 청와대 정무수석을 거쳤다.

안형환 부위원장과 김효재 상임위원은 “우리는 아직 이 문제에 대한 사실관계가 확정되지 않은 만큼 위원회 명의의 입장 발표는 적절치 않으며 감사원의 감사결과와 검찰 수사로 이어질 경우 그 결과를 지켜봐야 한다”고 주장했다. 두 사람은 “방통위가 여러 논란을 하루빨리 정리하고 구성원들이 심적 부담 없이 방송 통신 발전에 전력을 다할 수 있기를 기대한다”고 덧붙였다. 

이런 가운데 한겨레는 9일자 사설에서 “윤석열 정부 감사원은 정권의 충직한 하수인이 된 듯하다. 여권이 ‘함께할 수 없다’고 지목한 인물이 기관장을 맡고 있는 권익위, 방통위 등에 대한 고강도 감사에 나서 ‘찍어내기 감사’ 비판을 자초하고 있다”며 “이쯤 되면 ‘전 정권 손보기’의 돌격대를 자임하고 나섰다고 해도 지나치지 않다”고 비판했다.

앞서 한상혁 방통위원장은 지난 7월29일 국회 과학기술정보방송통신위원회 전체회의에서 감사원 감사 관련 질의에 “피감기관의 기관장이라 감사의 적절성에 대한 언급이 부적절하다고 생각하지만 개인적으로는 정기감사의 업무 범위를 넘어선 것 아닌가 하는 생각을 갖고 있다”고 밝혔다. 감사원은 "위원장 사퇴를 압박하기 위한 감사가 전혀 아니다”라고 밝힌 바 있다. 

감사원이 종편 재승인 심사위원회를 감사한 것은 이번이 처음이다. 감사원은 2020년 종편 재승인 심사위원들에게 “채점표를 제출한 후 방통위와 일부 심사위원이 점수를 수정하는 것을 봤는가”라고 집요하게 물었다고 한다. 당시 심사위원은 미디어오늘에 “(감사원이) 심사 점수 수정에 관해 계속 질문을 했다”며 “방통위와 일부 심사위원 주도로 뭔가 이뤄진 게 있는지 밝히려는 듯했다. 하지만 그런 기억은 전혀 없다”고 말했다.