사건의 발단은 검찰이 사전에 법무부에 보고하지 않았다는 한겨레의 첫 보도가 나오면서부터다. 한겨레는 지난 27일 <“영장청구, 법무부 모르게 하라”>는 기사에서 “검찰이 26일 탄핵반대 촛불 시위를 주도한 시민단체 간부들의 체포영장을 청구하는 과정에서 법무부에게 사전 보고하지 않고 독단적으로 추진했던 것으로 확인됐다”고 보도했다.
이 기사에 대해 당초 토요일이었던 이날 연합뉴스와 석간인 문화일보는 중요하지 않다고 판단해 기사화하지 않았으나 KBS가 이날 저녁 9시 메인뉴스에서 <법무부, 촛불집회 비밀 영장 청구 진상조사>를 보도하자 연합뉴스가 28일 기사화했고, 29일자 배달판부터 대부분의 신문이 이를 다뤘다. 29일자 신문들은 <법무부·검찰 ‘촛불’마찰>(조선) <법무부-검찰 촛불시위 갈등>(동아) <법무부-검 ‘촛불 체포영장’ 이상기류>(한국) <촛불집회 영장 ‘뒷북 기싸움’> <촛불집회 체포영장 법무·검찰 ‘신경전’>(중앙) 등으로 양측이 갈등을 빚고 있다는 내용을 다뤘다.
이날 아침 송광수 검찰총장이 출근하면서 “조사할 것이 있으면 나를 조사하라”라고 말하자 30일자 신문에서는 송총장과 강금실 법무장관이 갈등을 빚고 있다는 요지의 기사를 1면 내지 2면 머릿기사로 처리했다. 한겨레와 조선일보는 각각 <검찰은 ‘검찰 독립’의 본뜻 알아야>와 <강장관이 검찰을 길들이겠다는 이유>라는 사설에서 각각 검찰과 법무부장관을 비판해 마치 대리전을 치르는 것 아니냐는 인상을 주기도 했다.
이에 대해 법무부 이춘성 공보관은 “체포영장 청구 경위와 관련규정 있는지, 일처리를 어떻게 했는지 파악해보자고 해서 확인중에 있으나 신문들엔 법무부 장관과 검찰총장을 싸움 붙이는 듯한 보도가 나왔다”며 “솔직히 기자들에게 목이 쉴 정도로 말했는데도 언론이 도저히 일할 수 없게 만들었다”고 말했다.
이 공보관은 “법무부와 검찰의 의견이 내부적으로 다소 다를 수는 있는 일인데 (언론이) 이렇게 싸움을 붙여서 뭘하겠다는 건지 모르겠다. 공명선거를 정착시키는데 몰두할 때에 법무부와 검찰에 대해 갈등과 내분을 부추기면 공권력이 어떻게 되겠느냐”고 불만을 표시했다.
대검찰청 관계자도 “검찰이 법무부를 배제하려고 비밀리에 했다는 것과 검찰총장이 법무부에 보고하지 말라고 했다는 내용 모두 사실이 아니다”라며 “특별한 내용도 아닌데 자꾸 기자들이 세게 쓴다. 법무부와 우리는 갈등상황이 아니다”라고 말했다.
이에 대해 한 대검 출입기자는 “솔직히 더 이상 법무부가 진상 파악할 것도 없고 이미 끝난 것으로 안다”며 “검찰과 법무부간에는 오래 전부터 해묵은 갈등이 있었지만 언론이 너무 양쪽을 싸움붙이는 식으로 접근하려 하는 게 문제”라고 지적했다.