조세범칙조사에서 혐의가 확인되면 국세청은 해당업체를 바로 검찰에 고발하며, 이제까지의 조세범칙대상자(업체)들은 대부분이 고발조치 됐다. 일반적으로 흔히 쓰이는 ‘특별세무조사’는 국세청내의 행정용어로 탈세제보 등으로 혐의가 명백히 드러날 경우 실시하는 조사를 의미하며, 이는 법리적으로 일반세무조사 개념에 포함된다. 법적인 용어로 세무조사에는 일반세무조사와 조세범칙사건조사 두 가지뿐이다.
한편, 세금추징액을 통보받은 업체 대부분은 이의신청을 제기할 것으로 보인다. 이의신청을 원하는 언론사는 세무서나 서울지방국세청·국세청·감사원·국세심판원 중 1곳에 통보 받은 날로부터 90일 이내에 이의신청이나 심사청구·심판청구 등을 제기할 수 있으며, 이 경우 세무서나 서울지방국세청은 30일 이내, 국세청은 60일 이내, 국세심판원은 90일 이내, 감사원은 3개월 이내에 결정을 내려야 한다. 이 기관들의 결정에 불복할 경우 90일 이내 법원에 행정소송을 낼 수 있으며 대법원 확정판결까지는 1년 이상 걸릴 수도 있다.
이의신청이 제기돼도 납기일이 늦춰지는 것은 아니다. 국세청 징수과의 한 관계자는 “일단 추징금을 납부하고 난 뒤 이의신청이 인정되면 환급 받는 것이 원칙”이라고 밝혔다. 납기일은 통상 통보일로부터 7일에서 1개월까지. 따라서 해당 언론사는 원칙적으로 7월 20일경까지는 추징액을 국세청에 납부해야 한다.
이 기간이 지나면 체납상태가 되며, 체납할 경우 첫달 가산금은 체납액의 5%, 둘째달부터는 중가산금 1.2%가 적용된다. 납기일이 지나면 독촉장이 발급되고, 그로부터 7일이 지나면 압류가 가능하다. 국가가 행하는 압류는 가압류 없이 바로 시행되며 부동산과 임차보증금 등은 압류, 동산은 점유조치를 취할 수 있다.
단, 손영래 서울지방국세청장이 20일 세무조사 경과를 발표하며 밝혔듯이 회사가 추징액을 일시에 납부할 수 없는 상황일 경우 부동산 등의 담보를 제공하고 징수유예를 요청할 경우 납세고지일로부터 최장 9개월간 징수 유예를 내릴 수 있다.상속·증여세의 경우 현금대신 부동산이나 주식으로 낼 수 있으나, 법인세와 양도소득세는 현금으로만 납부해야 한다.